1590年に建立された、神社本庁包括下の神社として国内最南端の神社です。
宮古神社は熊野三神と豊見親三神を祀っています。豊見親三神は、かつて宮古島を統治した3人の豊見親（首長の尊称）を神としたものです。
現在の社殿は2010年に建てられたもので、本殿（神殿）は赤瓦葺き。本殿及び二の鳥居には、ラオス産の千年木が用いて、くぎを一本も使わず、材料のほぞ（凸）とほぞ穴（凹）をかみ合わせて組み立ています。
宮古神社は平良港の近くの町中にあり、漲水御嶽から漲水石畳道を登ると、宮古神社の鳥居と石段があります。